萊頓排名只關注科研論文發表的情況,依據的是論文數量及其在學術數據庫「Web of Science」中被引用的次數。這一指標顯然是存在偏差的:中國學術界長期存在「多發論文、相互引用以提高引用率」的傾向,因此該榜單是受到質疑的。不過,另一份由權威學術期刊《自然》(Nature)雜誌發布的排名榜,和萊頓排名非常接近。《自然》雜誌的排名只統計145種由獨立科研人員委員會認定的最具權威性的頂級學術期刊,其排名主要衡量的是前沿科研成果的數量。《自然》雜誌的排名結果顯示,哈佛依然位居榜首,但緊隨其後的是九所中國大學。